La teinture bleue extraite de la plante de pastel sur le territoire était prisée dans toute l'Europe au XVIIème siècle. Ainsi les échanges commerciaux avec les drapiers des pays du Nord, acquis au protestantisme, étaient très intenses et ont favorisé la diffusion des idées de la Réforme calviniste en Occitanie. Les moulins pasteliers servirent notamment de lieux de circulation des nouvelles Bibles. C'est ainsi qu'en 1660, Puylaurens accueillit l'Académie Protestante, transférée de Montauban sur ordre du roi Louis XIV. L'Académie fermera cependant 25 ans plus tard, au moment de la révocation de l'Edit de Nantes.

De 1560 à 1598, durant toutes ces années, la France est affectée par des batailles, des massacres entre les Catholiques et les Protestants. Puylaurens, ville protestante, fortifiée et puissamment armée, est redoutée. Henri IV, Roi de France et de Navarre impose la paix. Puylaurens garde ses remparts, elle reste en partie gouvernée par des bourgeois protestants. De 1620 à 1623, la cité de Puylaurens en Occitanie participe au soulèvement protestant contre le roi Louis XIII et le cardinal de Richelieu. L’église et un grand nombre de maisons sont détruits par les Protestants. Vainqueur, le roi ordonne la démolition d’une partie des remparts. En 1660, l’Académie protestante de Montauban, dont seule la porte subsiste aujourd’hui, est transférée à Puylaurens, sous l’ordre du roi Louis XIV (fils de la très catholique Anne d’Autriche et époux de l’infante Marie-Thérèse). Malgré cela, cette académie rayonnera sur tout le sud de la France. Plus de cent étudiants fréquentent cet établissement. Une génération brillante et des personnages célèbres tels que Pierre Bayle et André Dacier, éminents philosophes y ont été formés. En 1685, avec la révocation de l’Edit de Nantes, le roi ordonne la fin du protestantisme en France. C’est le début des persécutions contre les Protestants. L’Académie est fermée et le temple détruit. En 1787, à la suite de l’Edit de Tolérance, un terrain est attribué aux non catholiques pour enterrer leurs morts.

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